В роли нинзя выступает обычный мальчишка, правда, лучший каратист среди юниоров. Приехав погостить к дяде в Голливуд, он ввязывается в борьбу с мафией. И если бы не помощь племянника, плохо пришлось бы дяде Бобу. Но Кевин постарался, чтобы все бандиты получили по заслугам.

Джо Армстронг, 18 — летний рядовой филиппинского отряда армии США, сопровождает военный конвой, который подвергается нападению бандитов. В одном из них Джо узнает черного воина — ниндзя. Обороняясь, он инстинктивно начинает использовать технику ниндзюцу. Эта неожиданно проявившаяся способность вызывает подозрение у командира его отряда и остальных солдат. Распутывая паутину темных интриг, Джо остается один в битве с окружающей его коррупцией. В конце концов, в глубине непроходимых джунглей, Джо раскрывает тайну собственного прошлого, тайну, ведущую его к последнему бою со зловещим предводителем Черных Ниндзя.

Два наследных принца, отец которых был королем маленького мирного государства Патусан, живут в современной Америке и увлекаются серфингом. Злой полковник Чи (Нилсен), совершивший переворот, не может спать спокойно пока не убъет их. Ведь предание гласит: когда старшему принцу исполнится шестнадцать, в Патусан вернется свобода. А защитить детей могут только морской пехотинец Мак, воспитавший их как отец, одноглазый ниндзя и они сами.

Эйприл покупает в подарок Сплинтеру древний японский скипетр, но этот скипетр оказывается совсем не так прост, как казалось вначале. Вскоре выясняется, что он представляет собой своеобразный вариант машины времени, который был придуман японцами много веков назад. Скипетр переносит Эйприл в средневековую Японию, узнав об этом, черепашки решают отправиться за ней. Но вместо того чтобы попасть в храм, где должна находиться Эйприл, туннели времени отправляют черепашек в самую гущу средневекового сражения.