В будущем — лагерь для интернированных, где живут мутанты, лишившиеся свободы. В настоящем — непрекращающееся противостояние с Братством злых мутантов во главе с Мистик. В прошлом — возможность предотвратить господство Стражей, а значит, грядущую для мутантов изоляцию. Благодаря своим способностям путешествовать во времени, Китти Прайд, живущая в будущем, предупреждает нынешних мутантов о том, что их ждет. Но этого недостаточно, ведь из грядущего в настоящее явились и силы зла.

Человечество случайно разбудило гигантское древнее существо, что повлекло за собой ужасающие последствия…

Питер Паркер под маской Человека-паука по-прежнему спасает мир от злодеев и преступников, а свободное время проводит со своей возлюбленной Гвен, но школьная пора близится к концу, и впереди героев ждет взрослая жизнь. Питер помнит о том, что дал отцу Гвен слово навсегда уйти из жизни девушки, тем самым больше не подвергая ее опасности. Однако сдержать это обещание не так просто. Судьба готовит Питеру сюрпризы: на его пути появится новый противник — Электро, а также ему будет суждено вновь встретиться с давним приятелем Гарри Озборном и узнать много нового о прошлом своей семьи.