В 1582 году власть в Японии перешла от Ода Нобунаги, убитого некогда верным вассалом, к Тойотоми Хидэёси. В Японии начинается реформация структуры общества. Новый правитель проводит четкую границу между крестьянами и самураями, крестьянство подвергается гонениям со стороны богачей. Проходят долгие пятнадцать лет, прежде чем в стране появляется человек, который открыто говорит о том, что его не устраивает текущее положение дел. Этот человек - Исикава Гоемон, умелый ниндзя, который становится на защиту интересов крестьянства, но у него появляется оппонент, не менее могучий ниндзя Киригакурэ Сайзо.

В конце девятнадцатого века в Японию прибывает Нейтон Альгрен, капитан вооруженных сил США. Нейтона нанял император Японии, чтобы американский военный начал обучение японской армии современным методам ведения боя. Много веков существовавший в Японии клан воинов-самураев категорически против нововведений, которые пытается навязать им император. В японской армии давно сложились собственные традиции, от которых самураи не собираются отказываться. Самураи объявляют Альгрену войну, теперь чтобы выжить американцу придется понять саму суть самурайской души.

Десять специально отобранных детей долгие годы осваивали страшную науку убийства. Под предводительством своего Учителя они стали совершенными убийцами, оружием возмездия. Им осталось пройти последнее испытание – смертельный поединок со своим лучшим другом. Пять оставшихся в живых подростков, среди которых девушка по имени Азуми, отправляются выполнять миссию, ради которой их и воспитывали долгие годы. Им предстоит уничтожить трех высокопоставленных военачальников, которые уже многие годы являются неформальными правителями страны.

Небольшим японским городом правят две банды, главари которых набрали себе в подчинение уголовником и тех, кто находится в розыске. В город прибывает самурай. Видя, какие события происходят в городе, он решает помочь мирным горожанам избавиться от преступников, наполнивших город. Но воевать сразу с двумя бандами самураю ни под силу, тогда он находит хитрый способ справиться с бандитами. Он устраивается телохранителем в одну из банд, это позволяет ему сокращать «поголовье» другой банды, потом он устраивается телохранителем в другую банду, и начинает «чистку» банды своего бывшего хозяина.