«Дети шпионов: критическая миссия» - это ответвление от оригинальной сюжетной линии серии фильмов, представленное в формате мультипликации. Мультсериал о подготовке детей в шпионской академии. Главные герои - мальчишки и девчонки, которые мечтают защищать мир от злодеев. Последние же всегда стремятся использовать самые смертоносные виды вооружения, чтобы нанести вред простым жителям Земли. Взрослые шпионы бессильны перед мегазлым антагонистом. Теперь слово за детьми!

Гарри — ветеран правительственного департамента по отлову и уничтожению демонов, который был создан после масштабного вторжения сил зла в наш мир. В войне с силами Ада он потерял много друзей и любимую, но приобрёл стальной цинизм, язвительное чувство юмора и желание уйти на пенсию. Но вот беда, ему до сих пор не нашли замену. И снова ему одному приходится тянуть лямку борьбы за освобождение мира от демонической нечисти.

Частная военная организация «Мифрил» стремится устранить мировой терроризм и остальные угрозы мирной жизни на Земле. Организации помогают «виспарды» — люди со сверхъестественными способностями. Соскэ Сагара солдат, работающий на «Мифрил». Он получил миссию по защите Канамэ Чидори. Девушка одна из «виспардов». Однако всё не так просто, ведь Соскэ совершенно не знаком с жизнью обычного школьника, ибо с детства принимал участие в военных действиях. И кто знает, что для него будет сложнее — выполнение своего задания или жизнь обычного человека? Прямое продолжение основного сюжета сериала.

В XXI веке с ростом технологического прогресса люди, окружённые больше не считающимися фантасмагорией девайсами и гаджетами, уже не придают значения мифам и легендам и совсем позабыли о существовании ёкаев. Однако ни с того, ни с сего с представителями поколения интернета начинает происходит ряд необъяснимых, с точки зрения современной науки, явлений, которые буквально будоражат общественность настолько, что кровь стынет в жилах. В этот момент тринадцатилетняя Мана Инуяма, чтобы докопаться до истины происходящего и защитить своего друга от издевательств со стороны сверстников, обращается через легендарную «Почту ёкаев» к небезызвестному Щелкунчику Китаро, единственному способному утихомирить разбушевавшихся в её городе злых духов. На удивление не ожидавшей своевременного ответа Маны, в тот же вечер перед ней предстаёт самый настоящий представитель потустороннего мира на пару с одноглазым существом, которого зовёт своим отцом, пришедший с целью исполнить её запрос. Так, перед девочкой открывается завеса в мир, сокрытый от взглядов простых смертных, и начинаются её приключения.

Недалекое будущее. Происходит событие, позже получившее название Взрыв, в результате чего зарождается некая агрессивная форма жизни, быстро распространяется, угрожая самому существованию человечества. Спасут мир, разумеется, японские школьники. Старшекласснице, потерявшей родителей во время Взрыва, нужно пробраться в самое сердце научной лаборатории, где произошел инцидент, чтобы узнать правду о самой себе и остановить всепоглощающую материю.

Хиро Хамада поступил в Технический университет Сан-Франсокио, где учился его старший брат Тадаши. В первый же день в университете юный герой оказался в лаборатории Тадаши и нашел там микрочип Бэймакса. С помощью этого устройства Хиро надеялся восстановить робота, но его поспешные действия привели к неожиданным последствиям.

С древних времен страшные монстры, именуемые аратама, угрожают людям. Им противостоят тоджи — жрицы, избранные божественными мечами, которые состоят в особой религиозной воинской части "Специальная группа ритуальных маневров" и имеют разрешение от правительственных чиновников владеть мечами. Существует пять тренировочных женских младших и старших школ, где ученицы ведут обычную школьную жизнь плюс боевые занятия, и сражаются на миссиях, защищая людей от порождений злых сил.

Акира Фудо рассказывает своему лучшему другу Рёу Асука о том, что в скором времени демоны возродятся и захватят мир. У людей нет никаких шансов в борьбе со сверхъестественной силой, но Рёу видит спасение в слиянии с демонами. Так Акира становится человеком-дьяволом: существом с демоническими способностями и человеческим сердцем.