После взрыва во время Токийского саммита на сайте появляется тень Тору Амуро, сотрудника Бюро безопасности национального полицейского управления, также известного как Зеро. Также появляется трехликий Рэй Фуруя, известный как детектив и ученик Когоро Мори, но являющийся членом Черного синдиката по имени Бурбон. В результате всех этих событий Когоро ареставан по подозрению в причастности к взрыву. Конан начинает расследование, чтобы доказать невиновность Когоро. Какую роль в расследовании сыграет Амуро?

Сотрудник организации по борьбе с биотерроризмом B.S.A.A. Крис Редфилд проникает в таинственный особняк, который, согласно информации, является базой контрабандистов оружием. В ходе расследования Крис сталкивается с Гленом Ариасом, преступником объявленным в международный розыск, и становится свидетелем странной картины, в результате которой упускает Ариаса.

Дело о взрыве на телестудии. Личность и цели террориста неизвестны. Конан вместе с полицейскими начинают расследование дела о Кубке Сацуки и связанного с ним убийства

"Истинный" первый эпизод анимэ "Детектив Конан", написанный самим мангакой Аоямой Госё. Почему детектив-старшеклассник Кудо Шин'ичи превратился в Эдогаву Конана? Как получилось, что он перебрался в дом к Ран? Как оказались мужчины в чёрном на американских горках? Ремейк первых серий знаменитого детектива, с добавлением новых, ранее не показывавшихся по телеку эксклюзивных кадров, более полно раскрывающих сюжетную линию "Знаменитого детектива" и проливающих свет на многие неясности в телевизионной версии истории.

Мир был близок к уничтожению Великим Отчаянием, которое послужило причиной “Величайшего, Ужаснейшего, и Трагического События во всей Истории Человечества”. Чтобы не дать миру погрузиться в пучину хаоса, был создан специальный Фонд Будущего. Пока организация продолжает неустанно трудиться, чтобы восстановить прежний мир, Макото Наэги обвиняется в предательстве и защите Осколка Отчаяния. Члены Фонда Будущего решают собраться для того, чтобы провести над ним суд, но они попадают в ловушку Монокумы, который подстерегал их на месте встречи. Он предлагает им начать “Последние Убийства”. На их запястьях закреплены странные браслеты, а в какой-то момент им выдаются транквилизаторы. Мало того, оказывается, что в их команде присутствует настоящий предатель, который намеревается убить всех членов Фонда Будущего. В этой игре, где нет никакого школьного суда, единственный путь устранения предателя очевиден, “найти и обезвредить”. Наэги оказывается втянут в смертельную игру на выживание, в которой либо убиваешь ты, либо убивают тебя. Последняя глава истории, в которой в бою сталкиваются надежды, началась.

Конан с друзьями идёт в новый Токийский аквариум. Там, под колесом обозрения, он замечает девушку с разноцветными глазами. Она не помнит ни своего имени, ни своего прошлого. Конан обещает помочь девушке и вернуть её воспоминания.