Чтобы выполнить свою миссию Избранного, Нео необходимо встретиться с Архитектором, с тем, кто создал Матрицу, но найти путь к Архитектору очень непросто. Тем временем агент Смит нашел возможность самопроизвольного копирования, и теперь Смит готов сразиться с Нео не в одиночку – Нео придется сражаться с целой армией агентов Смитов. Машины все продолжают искать способы попасть в город людей – Зеон, охотники рыщут повсюду. Нео остается последней надеждой человечества, если он не справится, мир людей перестанет существовать.

Ближайшее будущее. Время, когда роботы заняли прочное место в жизни людей. Грей – молодой мужчина и один из немногих, кто по-прежнему любит работать руками без помощи всяких технологических штуковин. Целыми днями Грей проводит в гараже, где чинит автомобили клиентов. Однажды во время возвращения с важной встречи вместе с супругой они попадают в аварию. После выясняется, что это дело рук группы бандитов, которым нужен был какой-то прибор. В итоге бандиты убивают супругу, а Грей оказывается парализованным. Через некоторое время к нему в больницу приходит один из его клиентов и предлагает Грею поучаствовать в необычном эксперименте. У него есть шанс снова встать на ноги, но для этого придётся согласиться на операцию по вживлению специального имплантата.