У Фрэнка Заппа четверо детей: дочь Мун (Moon Unit Zappa, 1967), сын Двизил (Dweezil Zappa), сын Ахмет (Ahmet Emuukha Rodan Zappa, 1974), дочь Дива (Diva Zappa, 1979). Двизил и Ахмет — музыканты, создали рок-группу «Z». Мун стала актрисой, а в 1982 году пела на хит-сингле отца «Valley girl». Своего старшего сына, Двизла, Фрэнк назвал в честь смешного мизинца его жены Гейл.